Beim E-Rezept Schweiz werden die Daten grundsätzlich im Rezept selbst gespeichert. Dies hat den Vorteil, dass keine medizinischen bzw. Patientendaten zentral gespeichert werden (Privacy by Design). Das E-Rezept Schweiz enthält einen QR-Code, der in der Apotheke eingelesen wird. Die Patientin oder der Patient erhält das Rezept mit dem QR-Code entweder ausgedruckt auf Papier, als PDF per sicheres E-Mail oder direkt in eine App. Um sicherzustellen, dass Rezepte nicht mehrfach eingelöst werden können, werden Transaktionsdaten zentral bei HIN gespeichert. Bei einer Teildispensation wird dokumentiert, welche Medikamente abgegeben wurden.